A Transmaçor fechou o ano de 2012 com quase 5 milhões de euros de capitais próprios negativos. Segundo o relatório de contas da empresa de 2012, os 4 milhões e 800 mil euros de capitais negativos são consequência dos "resultados líquidos negativos" registados entre 2006 e 2010, altura em que a Transmaçor era gerida maioritariamente por privados. Só em 2010, pouco antes de o Governo Regional passar a controlar a empresa, a Transmaçor terminou o ano com um resultado negativo superior a 3 milhões de euros, acima dos 65 mil euros negativos registados em 2011 e dos 91 mil de 2012. Em 2012, a Transmaçor transportou 385 mil passageiros entre as ilhas do Triângulo, um número inferior aos 400 mil transportados no ano anterior e gastou mais de um milhão de euros em gasóleo nas viagens efetuados pelas três embarcações que gere. Entretanto o GR já anunciou que a Transmaçor vai ser fundida com a Atlânticoline, outra das empresas de transporte marítimo de passageiros dos Açores.